李零的考古学研究方法，与其说是挖掘文物，不如说是在解构文化记忆的建构过程。他手中的洛阳铲探入的不仅是地层，更是一种被层层包裹的历史叙事。在《花间一壶酒》中，这种解构意识表现得尤为明显——他将青铜器上的饕餮纹饰从礼教符号还原为部落图腾，把《周易》卦辞从哲学经典拉回到占卜实践现场，这种"祛魅"式的解读让传统文化显露出原始的肌理。
文字考古学的三重维度
李零的文字考据常展现出考古学的分层思维。以"礼"字为例，他通过甲骨文、金文到小篆的字形演变，揭示出从祭祀器具到制度规范的转化轨迹。这种解读不仅需要文字学功底，更依赖考古发现的实物佐证——商周青铜礼器的形制变化与文字演变形成互证，这种"二重证据法"的运用，让文字考据不再是书斋里的猜谜游戏。
器物叙事的解构
当多数研究者将曾侯乙编钟视为礼乐文明的象征时，李零却注意到编钟铭文中记载的音律计算方式。他在《铄古铸今》中指出，这些精密音律数据实际反映了战国时期的数学成就，这种跨学科的解读打破了"礼乐"标签的禁锢。类似地，他对汉代博山炉的研究，不仅关注其作为熏香器的功能，更通过出土位置与伴出器物，还原了当时贵族生活的真实场景。
空间考古的视角转换
李零对《孙子兵法》的解读颇具代表性。他通过战国时期城址、关隘的考古发现，重新勾勒出军事地理的现实基础。书中"百里而争利"的行军距离，对应着考古发现的驿站分布；"山林险阻"的地形描述，与实地勘探的海拔数据形成对照。这种将文献与空间考古结合的方法，使古代兵法的战略思想落地为可触摸的地理现实。
考古学的层位学原理被他巧妙地运用于思想史研究。在讨论儒家经典形成过程时，他常提醒读者注意文本的"地层叠压"——孔子编纂《诗经》相当于文化层的第一次堆积，汉代经学注疏是第二次改造，宋明理学的阐释则构成最新地层。这种历时性分析，让人清晰看到经典如何被不断重塑。
物质文化的祛魅
对于玉器研究，李零特别关注料器、琉璃器等替代品的考古发现。他在《山纹考》中提出，战国墓葬中出现的仿玉琉璃璧，不仅反映了玉料稀缺的经济现实，更暗示着礼制符号的世俗化转向。这种从物质性入手的分析，避免了将传统文化过度精神化的倾向。
考古学的类型学方法则被他用于思想流派的辨析。通过比较不同时期《道德经》写本的章节顺序、关键术语的用字差异，他勾勒出道家思想在传播过程中的在地化演变。这种研究不需要宏大理论，只需将不同遗址出土的帛书、竹简像陶器碎片那样排列对比，思想史的脉络便自然浮现。